Mashaal hadde sitt hovedkontor i Damaskus fram til borgerkrigen i Syria brøt ut. På grunn av spenning i forholdet til Bashar Assad-regimet flyttet Hamas-ledelsen til Qatar.
Siden 1996 har Mashaal fungert som øverste leder i Hamas. Ifølge Times of Israel har Det muslimske brorskap i Egypt forsøkt å presse ham til å ta nok en periode som leder, men uten at de har lyktes. Hans erstatter vil i følge Hamas-talsmann Salah Bardaweel bli valgt før måneden er omme.
På tross av at Khaled Mashaal trer av, vil han være «forberedt på å ta en hvilken som helst posisjon som et nytt lederskap måtte kreve av ham», hevder Bardaweel. En av favorittene til å overta posisjonen han etterlater seg, er hans høyre hånd på Gaza-stripen, Moussa Abu Marzouq.