I praksis har retningslinjen ikke blitt fulgt opp i noen særlig grad, fordi den enkelte avdelingssjef har valgt bort å videreformidle den, eller gitt den en egen tolkning. Mange mener livet til den kidnappede soldaten må verdsettes så mye, at man for eksempel ikke skyter mot kjøretøyet som gisseltakerne trekker seg tilbake med. Da Gilad Shalit ble kidnappet i 2006 ble det ikke skutt mot kidnapperne under deres tilbaketrekning.
Andre offiserer har tolket Hannibal-protokollen på en streng måte. I forbindelse med Gaza-krigen i 2008/2009 ga en kommandant i Golani brigaden ordre til soldater om å blåse seg selv i luften med en håndgranat dersom de var i fare for å bli kidnappet. Forsvarssjef Benny Gantz skal nå formulere en mer klar og enhetlig retningslinje på dette området.
