Ifølge israelsk TV (IBA) på kveldsnyhetene tirsdag 1. juni vedtok FNs sikkerhetsråd et krav om at det skal være en rask, upartisk, troverdig og gjennomsiktig etterforskning i samsvar med internasjonal standard. Den skal undersøke all vold i saken. Alejandro Wolff, USAs viseambassadør til FN, sa etter vedtaket at han er overbevist om at Israel selv kan gjennomføre en undersøkelse som oppfyller kriteriene. Seks av de israelske soldatene ble så skadet at de måtte legges inn på sykehus. Statsminister Benjamin Netanyahu sa at Israel tilbød skipene å losse varene i den israelske havnebyen Ashdod. Varene ville bli kontrollert, og alt som ikke er krigsmateriell ville bli sendt videre til Gaza. Det gikk fredelig med 5 av de 6 skipene. Bare i det største skipet ble soldatene utsatt for en slik vold at de måtte forsvare sine liv. Talsmenn for de israelske myndighetene gjør det klart at Israel fortsatt vil kontrollere alle varer til Gaza.