Vanligvis har en regjering ingenting med hvem som leder et fritt trossamfunn. Men den gresk-ortodokse kirken har selv i sine eldgamle statutter at patriarken skal være godtatt av den regjeringen som styrer Jerusalem.
I tre år har Israel holdt anerkjennelsen tilbake. Grunnen er de holdningene Irineos har til Israel. Han skal blant annet ha skrevet antisemittiske brev i 2001. I et brev til Arafat skal han ha sagt at jødene «korsfester» palestinerne. Ireneos har sagt at brevet var en forfalskning, men en politiundersøkelse skal ha vist at det er ekte. Likevel har Israel altså valgt å bøye seg for press fra USA og Hellas i saken. – Selv benekter Ireneos altså at han er fiendtlig mot Israel.
Den gresk-ortodokse kirken er den største jordeieren i Israel etter Jødisk nasjonalfond. Blant mye annet er både Knesset, presidentboligen og statsministerboligen bygd på jord som blir leiet av denne kirken. Med sin anti-israelske holdning kan Ireneos skape vansker når leieforhold skal fornyes, frykter noen i Israel.
At Irineos ikke har vært anerkjent av Israel, kan ha styrket stillingen til åpent anti-israelske krefter i den ortodokse kirken. Det dreier seg om israelske arabiske geistlige. De hevder at Irineos vil svekke stillingen til de arabiske kristne ved å trekke inn ortodokse innvandrere fra det tidligere Sovjetunionen og gi dem en mye større rolle. Se artiklene Den gresk-ortodokse kirken og Krise i den ortodokse kirken.
