Høsten 2000 startet palestinerne sin «andre intifada». I vide kretser i Israel generelt og i det israelske Arbeiderpartiet spesielt fikk Oslo-prosessen og Beilin mye av skylden for det som skjedde. Ved primærvalget før valget i 2003 havnet derfor Beilin så langt nede på Arbeiderpartiets liste at det var klart at han ikke ville bli valgt.
Beilin meldte seg da ut av Arbeiderpartiet og inn i Meretz, som har mye felles med det norske SV. Men der hadde det allerede vært primærvalg, og Beilin havnet så langt nede på lista at han ikke ble valgt der heller. Fra 2003 til valget i 2006 var han derfor ikke medlem av Knesset.
Etter valget i 2003 ble Beilin valgt til leder for Meretz. Men det førte ikke til noe oppsving for partiet, tvert imot. I valget i 2006 fikk Meretz sitt laveste resultat noen gang, 5 mandater. – Meretz nådde sitt høydepunkt i 1992, da det fikk 12 mandater i Knesset og ble med i Yitzhak Rabins regjeringskoalisjon. Siden har det altså mest gått nedover.
Flere av de israelske partiene har primærvalg (hvor alle medlemmene har stemmerett) før hvert valg til Knesset. Da det skulle være ledervalg i Meretz (valget ble holdt 18. mars 2008), ble det klart at medlem av Knesset Haim Oron ledet på meningsmålingene. Det førte til at Beilin trakk seg fra lederstriden.
18. mars 2008 ble Oron valgt som leder av Meretz. Han fikk 55 prosent av stemmene. Ran Cohen fikk 27 prosent og Zahava Gal-On 18 prosent. Alle de tre kandidatene er medlemmer av Knesset.
