Dårlig behandling
De første spesialistene som skulle ta seg av rullene etter at de var funnet, bestod av en internasjonal gruppe på åtte forskere. De gjorde så godt de kunne, men det var mye de ikke visste den gangen. De gamle skriftene ble utsatt for lys, ulike kjemikalier og for temperaturer som hadde en skadelig virkning.

En av de uheldige framgangsmåtene de brukte, var at de festet bruddstykker de mente hørte sammen med limbånd og la dem mellom to glassplater. Det ble i alt 1276 slike plater. Men limbåndene ble en katastrofe for rullene. Kjemikaliene i limbåndene spiste seg inn i det organiske materialet, forurenset det og gjorde bokstaver mindre leselige. På 1970-tallet begynte de å sette biter sammen med rispapir og plastmateriale. Det gjorde ytterligere skade. Heldigvis ble dette stanset, og de fleste bitene ble værende mellom glassplater.

Gjenopprette
Fire israelske kvinner arbeider nå med å forsøke å gjenopprette skaden som ble gjort og forhindre at ny skade blir påført etter som tiden går.
Bevaringsprosjektet begynte i 1991. En internasjonal ekspertkomité satte opp en protokoll, som gjelder ennå, for arbeidet. Men på disse ca. 20 årene er bare omtrent halvparten av rullene behandlet.

Det meste av arbeidet er mekanisk. Man skraper forsiktig med kniv og bruker Q-tips og pinsett. Enkelte skånsomme kjemikalier brukes også. Belønningen er at ordene og bokstavene som ble skrevet i det andre tempels tid [fram til det ble ødelagt i år 70 e. Kr.] kommer fram.
Limbåndene er et ekstra problem. Det kan ta måneder å reparere skadene på et lite stykke pergament.

Digitalisering
Sommeren 2010 starter arbeidet med å digitalisere rullene. Prosjektet er ventet å koste mer enn 5 millioner dollar. Det skal brukes forskjellig fotografiske teknikker, blant annet fotografering med infrarødt lys. Ved hjelp av de ulike metodene håper man å avsløre skjulte bokstaver også.
Prosjektet er forventet å ta fem år. Alt skal legges på internett, slik at alle verdens forskere kan ta del i det store puslespillet med å sette sammen titusener av biter til de anslagsvis 900 tekstene dette antas å utgjøre.

Kilde: En artikkel av Nir Hasson 22. januar 2010 på haaretz.com (Ha'aretz).