Det er sikkert flere forskningsprosjekter i Egypt som får støtte fra utlandet. Det som var problemet med Ibrahims forskning, var emnene: Han skulle ta for seg det siste parlamentsvalget i Egypt. Nå har parlamentet («Stortinget») svært lite det skulle ha sagt i Egypt, men det er nå der. Og Ibrahim ville undersøke hvor rettferdig valget hadde gått for seg. Han skulle lage en dokumentarfilm som kunne ha stilt president Hosni Mubaraks valgseier i et noe pinlig lys. Måten regjeringen behandler saken på, viser at den har noe å skjule. Det er fare for at valgfusk og press av ulike slag spiller en langt større rolle enn de fleste er klar over.
Dette var ikke det eneste emnet Ibrahim forsket i. Han var også opptatt med hvordan Egypts kristne minoritet, kopterne, har det. Det er også et vanskelig tema for en regjering som inngår mange kompromisser med de muslimske fundamentalistene.
Ibrahim-saken har mange triste sider. En av de verste er at de egyptiske mediene ikke bare lot være å forsvare forskningens og ordets frihet. De valgte å heie på en regjering som behandlet en fritt tenkende forsker slik.